Fra 476 til 1521
I 476 ved det vestromerske riges fald kom Ikaria ind under det byzantinske kejserrige.
I løbet af den byzantinske periode blev Ikaria brugt som eksil både for medlemmer af kejserfamilien og for andre ledende personer, som mentes at udgøre en trussel for kejserriget. Piratangrebene fortsatte med uformindsket styrke i hele perioden, eftersom den centrale byzantinske regering ikke ydede nogen beskyttelse af de ægæiske øer. Hovedparten af den byzantinske hær var travlt optaget af at forsvare det store riges grænser. Trods disse vanskelige forhold var øens indbyggere i stand til at sikre ikke alene deres overlevelse, men også deres specielle gamle dialekt.
I det 6. årh. hærgede saracenerne de ægæiske øer med angreb og plyndringer, og andre fortsatte dermed i flere århundreder.

Uanset alt dette ser det ud til, at der var perioder – især i begyndelsen af den byzantinske periode – hvor der var gode betingelser for udviklingen på Ikaria. For eksempel voksede indbyggertallet betragteligt pga. de mange flygtninge og også pga. de mange byzantinske adelsfamilier, som var faldet i unåde hos kejseren. Og senere, med de arabiske, maltesiske og genuesiske angreb, flygtede mange hertil for at søge sikkerhed.