Fra 1521 til 1912
I 1521 blev Ikaria indlemmet i det store osmanniske rige. Selv om indbyggerne på øen dræbte den første tyrkiske skatteopkræver, lykkedes det dem at undgå at blive straffede for det.

Tyrkerne sendte ingen embedsmænd til Ikaria i flere århundreder, så der var i lang tid kun en meget tilfældig administration af øen fra deres side.

I 1677 skrev biskoppen over Samos og Ikaria, Joseph Georgirenes, at øen var beboet af 1.000 indbyggere, som var de fattigste folk på de ægæiske øer. Da de fleste indbyggere levede skjult i bjergene, har befolkningen muligvis været større end antaget. I denne periode blev mange af de små stenhuse, vandmøller og broer, som stadig ses rundt om på øen, bygget.

I 1827 løsrev Ikaria sig fra det ottomanske imperium, men blev efter få år tvunget tilbage under dette. Øen forblev en del af imperiet indtil 17. juli 1912, hvor øboerne overvandt en lille tyrkisk garnison under den ikariske uafhængighedskrig.